يتولى الرئيس إدارة شؤون الديوان وتصريف أموره والإشراف على سير العمل به واتخاذ ما يلزم من إجراءات حيال ذلك. ومن بين مهامه نذكر:

1. رسم السياسات العامة المنظمة للديوان.
2. وضع الاستراتيجية العامة للديوان ووضع الخطط والبرامج والأساليب اللازمة لممارسة العمل الرقابي ومتابعة تنفيذها.
3. وضع مشروع الميزانية السنوية وإعداد الحساب الختامي للديوان.
4. وضع واعتماد الهيكل التنظيمي وتحديد اختصاصات التقسيمات الإدارية المختلفة.
5. إصدار اللوائح الإدارية والتنظيمية والمالية وتعديلاتها.
6. إقرار البرامج والمشاريع واتفاقيات التعاون مع الغير.
7. الإشراف والمتابعة الدورية لأعمال الديوان.
8. تمثيل الديوان في صلته مع الغير وأمام القضاء.
9. تشكيل اللجان بغرض تنفيذ الأعمال والمهام التي تتطلب ذلك داخليا وخارجيا.
10. تعيين المختصين لتنفيذ مختلف المهام الاستشارية.
11. إصدار قرارات تسمية مدراء الإدارات العامة والمكاتب والفروع ومدراء الإدارات الفرعية ورؤساء الأقسام وتسميات جميع الوظائف الإشرافية الأخرى.